（一）进项税额抵扣性差，会导致税负增加

1、人工成本无法抵扣：建筑企业大多数具有劳动密集型的特点，建筑工程的人工成本，在合同总成本中占有的比例大约为20-30%。近年来随着经济的增长，工人的工资水平大幅提高，特别是瓦、木、钢等工种人员严重缺乏，企业不惜以重金聘用，施工工人大多数为农民工，因此这部分成本无法取得增值税专用发票，无法抵扣进项税额。

2、甲供材现象：在很多项目施工中，建设单位自行采购主材提供给施工单位使用，由于建筑单位是采购人，供货方的发票提供给了建设单位，建设单位与施工企业间通过结算单进行结算，而不能提供增值税专用发票。因此给施工企业的税负会增加得更多。

3、零星材料：目前施工所用的砖瓦、沙石等零星材料，大多是从施工地农民、个体工商户、小规模纳税人手中采购的，这些合作方一般不能提供专用发票。

4、土方工程：施工企业经常是到外地施工，由于人生地不熟，土方工程只能由当地人来完成。很多人纳税意识薄弱，让他们提供发专用发票非常困难。

5、施工用水电费：施工企业在外地临时施工时多数情况下水电费都是与建设单位进行分表结算，水电费发票只能提供给建设单位，由于施工企业使用的水电费是建设单位总表的一部分，建设单位只能开具水电费结算单与施工企业进行结算，水电费结算单不是《增值税暂行条例》规定的合法抵扣凭证，导致施工企业水电费无法进行抵扣。

6、机械费：很多施工企业大量的机械设备要么由企业内部提供，要么是从个人手中租赁来的，在存量资产的抵扣和“营改增”后个人是否可以认定为一般纳税人在政策没有明确前，施工企业租赁机械设备无法获取足额的进项税额，会影响企业的税负。

（二）发票管理难度加大

相比较营业税发票，增值税专用发票的纳税管理要复杂和严格得多，但目前有些建筑企业会计部门管理不够规范，这就对“营改增”后经办增值税的财务人员提出更高的要求。根据现行的关于增值税的管理规定，需要将施工项目部得到的能抵扣的增值税专用发票，汇总到企业的机构所在地，由机构所在地进行统一抵扣。但很多企业的项目部数量较多，分布较广、地处偏远，这将为增值税专用发票的传递、收集和管理增加了一定的难度。

（三）纳税时间影响企业现金流

建筑企业普遍施工的工程项目周期较长，一般在施工期间按照百分比确认收入。但建设单位与建筑企业的价款结算时间，有时会出现滞后且具有不确定性。如果增值税按照收入确认情况进行一定比例预缴的，那么建筑企业需要垫付大量的施工用资金和大量的增值税金，这将影响企业的现金流。现金流问题会影响到建筑企业施工项目的进展，从而产生严重的经营风险。

（四）对联营合作项目冲击大目前，施工企业内部的联营合作项目普遍存在，联营合作方大部分不是合法的正规企业，且部分合作方是自然人，没有健全的会计核算体系，工程成本核算形同虚设，采购的材料、分包工程、租赁的机械设备和设施料基本没有正式的税务发票，也没有索取发票的意识。在营业税下，以工程总造价为计税依据计征营业税，不存在税款抵扣问题，营业税也与成本费用关系不大。但在增值税下，应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额，销项税额是不含税工程造价乘以增值税率计算，进项税额是材料采购、设备租赁、工程分包等环节取得的增值税专用发票上注明的增值税额，进项税额产生于成本费用支出环节，增值税与工程造价、成本费用密不可分。如果联营合作项目在采购、租赁、分包等环节不能取得足够的增值税专用发票，那么增值税进项税额就很小，可抵扣的税款较少，交纳的税款较多，工程实际税赋有可能达到6%-11%，超过总包方的管理费率，甚至超过项目的利润率，总包方和联营合作方都将无利可取，涉税风险会威胁到联营合作项目管理模式的生存和发展。

（五）对建筑行业投标工作的影响

一是营业税改征增值税后，将对投标企业带来较大的变化，预计《全国统一建筑工程基础定额与预算》部分内容将进行修订，建设单位招标概预算编制也将发生重大变化，相应的设计概算和施工图预算编制将执行新标准，对外发布的公开招标书的内容也将进行相应的调整。二是这种变化使建筑企业投标工作变得更为复杂化：投标书的编制中有关原材料、燃料等直接成本中是不包含增值税进项税额的，实际施工中，有多少成本费用能够取得增值税进项税额，在编制标书中是很难预测准确的;同时，原按工程结算收入计算的营业税不再收取，税金编制中只能反映城市维护建设税和教育费附加等;此外，编制的标书中投标总价中又包含增值税，而增值税又属于价外税，在投标中怎样编制，还有待统一规范。三是由于要执行新的定额标准，企业施工预算也要重新进行编制，这样才能适应投标工作的需要。四是企业投标中的隐蔽工程价格如何确定，暂定金额中有多少能够取得增值税进项税务发票，这些也将会给企业投标工作带来较大的预测难度。

（六）对建筑企业海外经营的影响

建筑企业在海外的工程收入，按现行税收征管规范，在国内是不缴纳营业税的，只是按国内企业所得税税率比境外所得税税率高的部分在国内补缴企业所得税。但实施营业税改征增值税后，在国内采购原材料等物资、加工和运输取得的增值税进项税额能否抵扣，《营业税改征增值税试点方案》没有明确。根据惯例，海外建筑项目由于受国家间税收差别和税制的影响，其收入已在国外缴纳相关流转税，在国家支持建筑企业“走出去”的战略下，不应在国内再缴纳相关流转税。按对等的原则，对国内建筑企业为海外工程在国内采购原材料等物资、加工和运输取得的增值税进项税额也不得从增值税进项税额中扣除，企业应单独进行核算，直接列入海外工程项目成本中，影响海外经营。